W północno-zachodnim narożu nawy poprzecznej znajduje się przejście do południowej nawy bocznej, do której przylega późnogotycka kaplica św. Katarzyny (1332-1349) [f] z pięknymi witrażami z lat 1340-1349.
Witraże (I pol. XIV w.) w południowej nawie bocznej [g] przedstawiają sceny z życia Chrystusa i Marii, sięgając aż do Sądu Ostatecznego.

Nawa środkowa [h], do której przylega od zachodu kruchta wysokości 38 m, z rozetą o średnicy ok. 15 m, ma ściany dzielące się na trzy kondygnacje: arkady, triforium i okna górnego rzędu. Po stronie północnej na wysokości triforium i okien znajdują się organy [i]. Obudowa organów pochodzi w małej części z r. 1385, przeważnie jednak z r. 1489, podczas gdy mechanizm (1714-1716) jest dziełem wybitnego budowniczego organów Andreasa Silbermanna. O czwarty filar po północnej stronie nawy głównej opiera się kamienna ambona [k], wykonana w latach 1485 i 1487 przez Hansa Hammera z pomocnikami. Z bogatego wystroju rzeźbiarskiego wskazać należy grupę apostołów i wyobrażenie legendy św. Aleksego na balustradzie schodów. W święto Bożego Ciała i przez sześć następnych dni nawę środkową zdobi czternaście gobelinów wykonanych w połowie XVII w. na zamówienie paryskiej katedry Notre-Dame i zakupionych w r. 1739 dla katedry w Strasburgu. Gobeliny przedstawiają sceny z życia Marii.

Z nawy środkowej, między ołtarzami z początku XVI w., schody prowadzą na podwyższone skrzyżowanie naw [I], pod którym znajduje się krypta. Na skrzyżowaniu naw nad sklepieniem wznosi się ośmioboczna wieża z zewnętrzną galerią z lat 1874-1878. W środkowym oknie prezbiterium znajduje się dzieło Maxa Ingranda z r. 1956, Witraż europejski, dar mającej swoją siedzibę w Strasburgu Rady Europy.

W północnej części nawy poprzecznej stoi od r. 1667 wielka grupa rzeźbiarska, zwana Górą Oliwną [m], należąca dawniej do cmentarza przy kościele św. Tomasza. Ponadto jest tam chrzcielnica [n] z r. 1453. Z południowej części nawy poprzecznej prowadzi zejście do krypty, po stronie wschodniej - wejście do kaplicy św. Jana Chrzciciela [o] z przyściennym grobowcem biskupa Konrada von Lichtenberga (zm. 1299; za jego czasów mistrz Erwin rozpoczął budowę katedry) oraz piękne epitafium kanonika Konrada von Busang z r. 1466. Nad kaplicą znajduje się sala kapitulna, a między kaplicą i zakrystią (1744) placyk cmentarny [q] z płytą nagrobną budowniczego katedry Erwina, jego żony i syna Johanna. Północne skrzydło nawy poprzecznej jest otwarte ku zachodowi na północną nawę boczną, na której początku mieści się kaplica św. Wawrzyńca (dawniej św. Marcina; 1515-1521) [r]. W kaplicy (parafialnej) zwracają uwagę przede wszystkim witraże z XIV w. przeniesione ze zburzonego w r. 1870 kościoła Dominikanów. Ołtarze pochodzą z końca XVII w.